A Fudan-népszavazást kezdetben még a főváros is támogatta, de miután Karácsony Gergely az előválasztáson visszalépett, kevésbé foglalkoztatta már az ügy. Annak ellenére is, hogy Az Alkotmánybíróság az országgyűlési választások után nem sokkal döntött úgy, hogy nem lehet országos népszavazást kiírni és ekkor Karácsony még élesen bírálta a döntést és megígérte, hogy megtalálják a módját annak, hogy mégis ki lehessen írni a népszavazást.
Júniusban az Alkotmánybíróság döntése után még Baranyi Krisztina úgy gondolta, hogy egy napra lehetne kiírni a népszavazást a fővárosban és Ferencvárosban. Ekkor a DK azt mondta, hogy egy már meghozott jogszabályról nincs értelme népszavazást kiírni, mert az érvényességi küszöböt nem lehetne elérni.
Erre Baranyi Krisztina azt mondta, hogy akik korábban politikai kampánytémaként használták a Fudan-ügyét, a választások után is bele kellene, hogy álljanak. Ráadásul nem az egész országban, csupán Budapesten kellene mozgósítani a választókat egy jól körülhatárolt, korábban erős ellenszenvet kiváltó ügyben.
Most azt mondta a polgármester, hogy mindig homályos válaszokat kap, amikor a fővárosnál érdeklődik ebben az ügyben.
„A legőszintébbnek az a verzió tűnik, miszerint a Fővárosi Közgyűlésen sem menne át a kezdeményezés, mivel a Demokratikus Koalíció nem támogatná” – mondta Baranyi.
A főváros csak annyit írt a Népszavának, hogy továbbra sem szeretnék a Fudan Egyetemet, a népszavazást is a főpolgármester kezdeményezte, de hiába gyűltek össze az aláírások, „a kormányzat nem akarja, hogy ebben a kérdésben az emberek döntsenek”.